Fahrettin Koca'nın Cumhurbaşkanı Erdoğan'dan affını istediği iddiası, kamuoyunda büyük yankı uyandırdı. Konuyla ilgili olarak yapılan açıklamalarda, Bakan Koca doğrudan bu iddiayı yalanlamadı ancak "Hayatın her hali olabilir, önemli olan millete ve devlete hizmet etmek" şeklinde genel bir ifade kullandı.
Öne sürülen iddialara göre, Bakan Koca'nın istifa ettiği ve kararını Cumhurbaşkanı Erdoğan'a sunduğu belirtilmişti. Ancak Bakan Koca, Halk TV'den İsmail Saymaz'a yaptığı açıklamada bu konuda net bir açıklama yapmaktan kaçındı.
Cumhurbaşkanı Erdoğan ise daha önce yapmış olduğu bir toplantıda, Sağlık Bakanı Koca'yı sert bir şekilde eleştirerek randevu sistemiyle ilgili şikayetleri ciddiye aldıklarını ve gerekenin yapılacağını belirtmişti.
